Detection and genotyping of Listeria monocytogenes in artisanal soft cheeses from Ecuador

Abstract Listeria monocytogenes is one of the most important bacteria associated with food-borne diseases, soft cheese being an important L. monocytogenes vehicle. In Ecuador, softcheese is consumed in 84.3% of urban households. We determined the prevalence of L. mono-cytogenes and serogroups in 260 fresh artisanal soft cheese samples collected in 18 of 24Ecuadorian provinces. Listeria spp. detection was carried out by culture-dependent and inde-pendent methods; 14.23% of samples were positive for L. monocytogenes. Serogroup IVb wasfound in 83.78% of the food isolates. Serogroups IIb and IIa were present in 8.11% of our isolates.To our knowledge, this is the first report of L. monocytogenes serogroups associated with foodin Ecuador; we also found serogroup similarities between cheese isolates and clinical isolates.

Resumen Listeria monocytogenes es una de las bacterias más importantes asociadas conenfermedades transmitidas por alimentos, y el queso fresco es un importante vehículo de trans-misión de L. monocytogenes. En Ecuador, el consumo de quesos frescos se produce en el 84,3%de los hogares urbanos. Determinamos la prevalencia de L. monocytogenes y sus serogrupos en260 muestras de queso fresco artesanal recolectadas en 18 de las 24 provincias ecuatorianas.La detección de Listeria spp. se llevó a cabo mediante métodos independientes y dependientesde cultivo; el 14,23% de las muestras fueron positivas para L. monocytogenes.

Comparación de dos métodos comerciales para la determinación de la concentración mínima inhibitoria de meropenem en Klebsiella pneumoniae productora de carbapenemasa tipo KPC / Comparison of two commercial methods for determination of the minimum inhibitory meropenem concentration in KPC carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae

Introducción: El tratamiento de las infecciones por Klebsiella pneumoniae productora de carbapenemasa tipo KPC es complicado debido a las escasas opciones terapéuticas existentes, lo cual obliga a optimizar los esquemas terapéuticos disponibles. Objetivo: Determinar la concordancia de la tarjeta AST-N272 del Sistema Vitek 2 Compact y las tiras M.I.C.ETM Evaluator con la dilución en agar para la determinación de la concentración mínima inhibitoria del meropenem en Klebsiella pneumoniae productora de carbapenemasa tipo KPC. Métodos: Se estudiaron 53 aislados de K. pneumoniae bla KPC positivas no clonales, provenientes de hisopados rectales recolectados en diferentes unidades hospitalarias de Guayaquil, Ecuador, entre enero a junio de 2016. Se determinó la concentración mínima inhibitoria de meropenem por dilución en agar (método de referencia), así como por el sistema Vitek 2 Compact (AST-N272) y las tiras M.I.C.ETM. Se determinó la CMI 50, CMI 90 y la concordancia esencial. Resultados: El rango de la CMI de meropenem de los aislados estudiados fue de 1 a ≥ 32 µg/mL, con una CMI50= 4 µg/mL y una CMI90= ≥ 32 µg/mL. El 86,79 por ciento (n= 46) de los aislados tuvo una CMI≤ 8 µg/mL. Se observó un 94,33 por ciento de concordancia esencial con las tiras M.I.C.ETM, mientras que la tarjeta AST-N272 mostró una concordancia esencial inferior al 50 por ciento. Conclusiones: Los resultados sugieren posibles implicaciones en el tratataminto del paciente, pues reduce opciones terapéuticas en contextos de difícil manejo. Además, resaltan la necesidad de la confirmación de la resistencia a carbapenémicos mediante el método de Kirby Bawer en aquellos laboratorios que tienen métodos automatizados para estudios de susceptibilidad(AU)

Introduction: The treatment for KPC carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae infections is complicated, due to the scant therapeutic options available, which forces us to optimize the therapies at hand. Objective: Determine the agreement between the AST-N272 card of the Vitek 2 Compact system and the M.I.C.E.TM Evaluator strips, and the agar dilution method for determination of the minimum inhibitory meropenem concentration in KPC carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae. Methods: A study was conducted of 53 positive non-clonal K. pneumoniae bla KPC isolates from rectal swabs collected at several hospitals in Guayaquil, Ecuador, from January to June 2016. Minimum inhibitory meropenem concentration was determined by agar dilution (reference method), the Vitek 2 Compact system (AST-N272) and M.I.C.E.TM strips. Determination was made of MIC 50, MIC 90 and essential agreement. Results: The meropenem MIC range for the isolates studied was 1 to ≥ 32 µg/ml, with MIC50= 4 µg/ml and MIC90= ≥ 32 µg/ml. In 86.79 percent (n= 46) of the isolates MIC was ≤ 8 µg/ml. Essential agreement was 94.33 percent with the M.I.C.E.TM strips and under 50 percent with the AST-N272 card. Conclusions: The results obtained suggest potential implications for the treatment of patients, since therapeutic options are reduced in difficult management contexts. They also highlight the need for confirmation of carbapenem resistance by the Kirby-Bauer procedure in laboratories equipped with automated methods for susceptibility studies(AU)

Resistencia bacteriana de Escherichia coli uropatogénica en población nativa amerindia Kichwa de Ecuador / Bacterial resistance of uropathogenic Escherichia coli in native Kichwa Amerindian population of Ecuador

Contexto: Escherichia coli uropatógena (ECUP) se presenta como uno de los principales agentes etiológicos en infecciones del tracto urinario (ITUs) no complicadas (70-95%). El objetivo del tratamiento de ITUs no complicadas es obtener curación clínica y microbiológica. Para ello, es de particular importancia el conocimiento de las tasas de resistencia antibiótica local. Objetivo: identificar los perfiles de resistencia a antibióticos de primera línea para ITUs no complicadas en poblaciones nativas amerindias Kichwas ecuatorianas, en donde el tratamiento empírico se basa en trimetoprim/sulfametoxazol, ampicilina, y ciprofloxacina mayoritariamente. Métodos: se analizaron 335 muestras de orina procedentes de las poblaciones de Zumbahua, Colta y Guamote, en un periodo de 4 meses (febrero-mayo 2016). Las muestras fueron incubadas por 24 y 48 horas en agar Eosin Methylene Blue (EMB), para luego ser identificadas en género y especie por pruebas bioquímicas. Para determinar la susceptibilidad antibiótica, se realizó la técnica de difusión en disco de Kirby-Bauer. Para la Concentración Inhibitoria Mínima (CIM), se utilizó la técnica de microdilución en caldo (Vitek 2). El método de doble disco fue la técnica utilizada para la detección de betalactamasas de espectro extendido (BLEE). Resultados: noventa (26,9%) muestras mostraron un recuento significativo de ≥105 (ufc)/ml, compatibles con ITUs. El microorganismo identificado con mayor frecuencia fue E. coli (n=75; 83,3%). La resistencia antibiótica encontrada para los aislados de E. coli fue de 56,7% a trimetoprim/sulfametoxazol, 52,5% a ampicilina, 43.3% a ácido nalidíxico, 32.5% a ciprofloxacina, 28.3% a norfloxacina, 25% a levofloxacina, 15.85% a cefazolina, 17.5% a cefoxitina, 15% a cefuroxima, 15% a ceftazidima, cefotaxima, y ceftriaxona, 15% a cefepima, 7,5% a nitrofurantoina y 1,7% a fosfomicina. Se identificaron 7 aislados productores de betalactamasas de espectro extendido (BLEE). Conclusión: con los resultados obtenidos se recomienda no utilizar ampicilina, trimetoprim/sulfametoxazol, ni quinolonas en la zona estudiada como terapia empírica. Se sugiere instaurar tratamiento empírico con fosfomicina o nitrofurantoina para ITUs no complicadas. (AU)

Susceptibilidad antibiótica de Helicobacter pylori: un estudio de prevalencia en pacientes con dispepsia en Quito, Ecuador / Susceptibility of Helicobacter Pylori to Antibiotics: a Study of Prevalence in Patients with Dyspepsia in Quito, Ecuador

Resumen Introducción: el Helicobacter pylori se asocia con patologías gastrointestinales, el incremento en la resistencia a los antibióticos utilizados para su erradicación es alarmante a nivel mundial. En este estudio se determinó la susceptibilidad a 5 antibióticos utilizados en la terapia de erradicación de H. pylori aislado de una población adulta con dispepsia recurrente en Quito, Ecuador. Materiales y métodos : previa aceptación del consentimiento informado, se tomaron biopsias de cuerpo y fondo gástrico de 210 pacientes con dispepsia y mediante cultivo se recuperaron los aislados de H. pylori identificado mediante pruebas bioquímicas. La susceptibilidad al metronidazol, claritromicina, amoxicilina, tetraciclina y levofloxacina se realizó por concentración mínima inhibitoria (CMI). Todos los cultivos se correlacionaron con el estudio histopatológico. Resultados: se recuperaron 89 aislados de H. pylori. Se obtuvo un kappa de 0,9 entre el cultivo y el estudio histopatológico. El porcentaje de cepas con resistencia antibiótica fue: metronidazol (63%), claritromicina (66%), amoxicilina (43%), tetraciclina (36%) y levofloxacina (54%). Conclusión: estos hallazgos demuestran la alta resistencia a los antibióticos usados para la erradicación de H. pylori, varios factores como el consumo indiscriminado de antibióticos, terapia previa, entre otros podrían estar involucrados.

Abstract Introduction: Worldwide, helicobacter pylori is associated with gastrointestinal pathologies, but increasing resistance to antibiotics used for its eradication is causing alarm. This study determined susceptibility of H. pylori to five antibiotics used in eradication therapy in an adult population with recurrent dyspepsia in Quito, Ecuador. Materials and methods: After patients provided informed consent, biopsies were taken from the gastric corpus and fundus of 210 patients with dyspepsia. H. pylori isolates identified by biochemical tests were recovered from cultures of biopsy samples. Minimal inhibitory concentrations (MIC) of metronidazole, clarithromycin, amoxicillin, tetracycline and levofloxacin were tested to indicate susceptibility. All cultures were correlated with the histopathological study. Results: H. pylori isolates were recovered from 89 cultures. A kappa of 0.9 was obtained between the culture and the histopathological study. The percentage of strains with antibiotic resistance were 63% for metronidazole, 66% for clarithromycin, 43% for amoxicillin, 36% for tetracycline and 54% for levofloxacin. Conclusion: These findings demonstrate high levels of resistance to the antibiotics used for eradication of H. pylori. Several factors including indiscriminate consumption of antibiotics and previous therapy may be involved.

Brote por Serratia marcescens en una Unidad de Cuidados Intensivos Neonatales: Guayaquil-Ecuador / Serratia marcescens outbreak in Neonatal Intensive Care Unit: Guayaquil, Ecuador

We report a Serratia marcescens outbreak occurred in the NICU of a pediatric hospital in Guayaquil, Ecuador. Nine cases of infection were detected, from which septicemia was developed in 55.5%. The index case was a newborn derived from another institution with septic arthritis caused by the outbreak strain. The infection rate was 17.6% and mortality rate was 33.3%. All isolates were resistant to aminoglycosides and susceptible to third generation cephalosporins and carbapenems. Clonality analysis by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) revealed the presence of two closely related clones confirming the horizontal spread. Measures were taken by the committee such as: strengthening the hand hygiene, patient hygiene and cohort studies of gastrointestinal colonization, which allowed the control of the outbreak.

Comunicamos un brote nosocomial por Serratia marcescens en una Unidad de Cuidados Intensivos en un hospital pediátrico de Guayaquil, Ecuador. Se detectaron nueve casos de infección, manifestándose en 55,5% de los casos como sepsis. El caso índice correspondió a un neonato derivado de otra institución con artritis séptica. La tasa de ataque fue 17,6% (n: 51) y la mortalidad 33,3%. Todos los aislados presentaron resistencia a las cefalosporinas y aminoglucósidos y sensibilidad a carbapenémicos. El análisis de clonalidad reveló la presencia de dos clones estrechamente relacionados, confirmando la diseminación horizontal. Las medidas de control de brote fueron: reforzamiento de higiene de manos, cohorte de los pacientes y búsqueda de colonización gastrointestinal.